У саопштењу се наводи да су састављачи извештаја пуно поверење поклонили организацијама и појединцима који не познају правну регулативу Србије којом је уређена религијска структура друштва, а који истовремено чувају старе идеолошке предрасуде према Српској православној цркви и другим традиционалним црквама и верским заједницама и воде лажну бригу о мањим верским групацијама.

У извештају се констатује да је Закон о верским заједницама проблематичан јер спроводи дискриминацију и ускраћује верским заједницама правни статус, као и да мањинске верске заједнице морају проћи компликовану процедуру регистрације, док су признате једино традиционалне верске заједнице.

Министарство истиче да је овакву оцену могао да изведе само неко ко није прочитао Закон о црквама и верским заједницама и додаје да поменути закон омогућава свим верским организацијама да се региструју, али никога не обавезује да то учини.

Слобода деловања верских организација у Србији није условљена њиховом регистрацијом, нити им је укинут статус и право које су стекле на основу ранијих закона у овој области.

Верска организација која нема пријаву по раније важећим законима или која не жели да се упише у регистар ужива све верске слободе на основу Устава Републике Србије и међународних конвенција о људским правима и слободама, истиче се у саопштењу.

Оно што је у извештају дефинисано као "произвољно спровођење закона", јесте практично слобода избора најповољније опције коју нуди либерална и флексибилна правна регулатива у којој свака верска организација може наћи најповољније место за себе.

Такође је нетачно да "Закон признаје само седам традиционалних верских заједница", већ је истина да су регистроване све конфесионалне заједнице које постоје у Европи, а које своје припаднике већ деценијама имају и међу грађанима Србије.

Регистровани су адвентисти, методисти, евангелисти, пентакосталци, мормони, неопротестанти, а у току је регистрација баптиста и назарена.

У даљем тексту извештаја Стејт департмента, Влади Републике Србије приговара се што није признала Македонску и Црногорску православну цркву.

Министарство вера наводи да признавање Македонске и Црногорске православне цркве није у надлежности државних органа Републике Србије, већ је то ствар канонског поретка православних цркава у свету и тај поредак држава Србија не жели и не може да нарушава зато што је он Уставом Србије и Законом о црквама и верским заједницама признат као аутономна правна регулатива.

Истовремено, Министарству вера није упућен никакав захтев за регистрацију поменутих организација, нити је забележен било какав вид њиховог значајнијег деловања на територији Србије.

У извештају се указује на то да Српска православна црква има "повлашћен третман" у држави и као пример се наводи субвенционирање плата православних свештеника који раде на Косову и Метохији.

Српска православна црква ни на који начин не утиче на институције државне власти – ни на Скупштину Србије, ни на Владу, нити на судство, па самим тим нема повлашћени положај иако је њен углед у друштву веома висок.

Супротно тврдњама о "повлашћеном положају који угрожава мањинске верске заједнице", СПЦ је покретач и носилац међуверског дијалога и верске толеранције у Србији.

Нејасно је како се и коме нарушавају верска права и слободе тиме што се субвенционишу плате свештеника православне цркве који раде на Косову и Метохији, а рад СПЦ-а у том делу Републике Србије не може се сматрати повлашћеним положајем кад је општепознато да је територија под контролом међународних војних снага чији је први задатак спречавање насиља и међуетничких сукоба.

У делу извештаја који се односи на Србију констатују се случајеви дискриминације припадника верских мањина, вандализма, говора мржње, физичких напада и негативног етикетирања верских заједница у јавности – "секте", "сатанисти", "девијантни".

Министарство истиче да је тачно да таквих случајева има, али они нису специфични само за Србију, већ се догађају у целом свету и представљају цивилизацијски проблем против кога се сви заједно морамо одлучно борити.

Конкретно у Србији статистика говори да је у последњих годину дана смањен број инцидената на верској основи, а знатно повећана ефикасност у откривању и судском санкционисању починиоца сличних кривичних и прекршајних дела.

У заштити верских слобода, верске толеранције и верског плурализма активно учествују надлежни државни органи, културна и политичка јавност, као и цивилни сектор, а Министарство вера се са своје стране посебно залаже за примену Декларације УН о забрани верске клевете.

Министарство наводи да је разочарано очигледном применом двоструких стандарда када се у извештају оцењује степен поштовања верских права и слобода на Косову и Метохији, и истиче да Стејт департмент закључује да се стање побољшало и да се насиље значајно смањило иако се јасно каже да је Србима ускраћена могућност да се слободно крећу и посећују своја гробља, чак и у време верских празника.

Питамо се у чему је онда напредак у поштовању верских слобода ако је угрожено основно право на живот, наводи се у саопштењу Министарства вера.